PLOS Science Wednesday : Salut reddit, nous sommes Katherine et Marni et nous avons découvert que la plupart des changements ADN dans les métastases du cancer du sein se produisent dans la tumeur d'origine, tandis que les tumeurs métastatiques sont constituées de clones de l'original – Posez-nous toutes vos questions !
Salut Reddit, Nous sommes Katherine Hoadley et Marni Siegel, chercheurs au Lineberger Comprehensive Cancer Center de l'Université de Caroline du Nord à Chapel Hill. Notre recherche se concentre sur la compréhension des raisons pour lesquelles certains cancers du sein se propagent dans tout le corps, un processus connu sous le nom de métastase. Nous avons récemment publié un article intitulé "Évolution Tumorale chez Deux Patients avec un Cancer du Sein de Type Basal : Une Étude Génomique Rétrospective de Multiples Métastases" dans PLOS Medicine. Nous souhaitions comprendre comment les tumeurs hormonales négatives dans le sein se propageaient vers des sites éloignés, un processus connu sous le nom de métastases. En comparant le cancer du sein d'origine aux tumeurs éloignées, nous avons recherché des changements d'ADN qui étaient à la fois partagés et uniques à ces différents sites. Nous avons découvert que, chez deux patients, la majorité des changements d'ADN causant la maladie dans les métastases sont établis dans la tumeur d'origine, et que ces tumeurs métastatiques sont constituées de plusieurs populations distinctes de cellules, ou clones, provenant de la tumeur d'origine. Consultez le numéro spécial de PLOS Medicine sur la Génétique du Cancer pour d'autres articles de recherche sur ce sujet. Nous avons hâte de répondre à vos questions à 13h00 HE -- Posez-nous toutes vos questions !

Commentaires :

Doomhammer458
1 upvotes | Posted on 2016-12-14 13:39:42
Les AMAs scientifiques sont publiés tôt pour donner aux lecteurs une chance de poser des questions et de voter sur les questions des autres avant que l'AMA ne commence. Les invités de /r/science ont accepté de répondre aux questions ; veuillez les traiter avec le respect qui leur est dû. Les règles de commentaire seront strictement appliquées, et un comportement incivil ou impoli entraînera une perte de privilèges dans /r/science. Si vous avez une expertise scientifique, veuillez le vérifier auprès de nos modérateurs en faisant flairer votre compte avec le titre approprié. Les instructions pour obtenir le flair sont ici : reddit Science Flair Instructions (Le flair est également automatiquement synchronisé avec /r/EverythingScience.)
redditWinnower
82 upvotes | Posted on 2016-12-14 13:51:47
Ce AMA est archivé de manière permanente par The Winnower, une plateforme de publication qui propose des outils de publication académique traditionnels pour des résultats académiques traditionnels et non traditionnels—car la communication académique ne se limite pas aux revues. Pour citer ce AMA, veuillez utiliser : https://doi.org/10.15200/winn.148171.19897> Vous pouvez en apprendre davantage et commencer à contribuer sur authorea.com
Open_Thinker
9 upvotes | Posted on 2016-12-14 18:29:18
Wouah, c'est intéressant. Je vois que l'auteur du post est actif sur Winnower en ce moment, est-ce que cela suit aussi l'historique des modifications si l'auteur du post fait une réponse en commentaire puis la change ?
friendscallmeTony
9 upvotes | Posted on 2016-12-14 14:10:30
Cette nouvelle information permettrait-elle de cibler la tumeur source et d'empêcher une nouvelle propagation ?
Orriz
12 upvotes | Posted on 2016-12-14 14:11:35
Tout d'abord, merci pour votre découverte ! Maintenant, je suis curieux de savoir comment cela pourrait nous aider à lutter contre le cancer du sein à l'avenir. Quelles conclusions pouvons-nous en tirer ?
drsjsmith
6 upvotes | Posted on 2016-12-14 14:27:46
Est-ce le même principe que l'« effet fondateur » en génétique des populations et en linguistique : plus d'hétérogénéité sur le site d'origine et plus d'homogénéité sur les sites colonisés ?
prophecy0091
19 upvotes | Posted on 2016-12-14 14:37:55
Ma grand-mère est décédée après une longue lutte contre le cancer du sein. Après le diagnostic initial de la tumeur, elle a subi une mastectomie des deux seins, mais quelques mois plus tard, le médecin a dit que la maladie avait déjà métastasé. La chimiothérapie et la radiothérapie n'ont pas aidé à ce stade. Ma question est : pourquoi les métastases sont-elles si difficiles à détecter si, comme vous le dites, elles sont des clones de la tumeur d'origine, auquel cas nous saurions exactement ce que nous cherchons ?
DeepSeaDweller
15 upvotes | Posted on 2016-12-14 14:49:55
Le problème n'est pas le quoi, c'est le où. Les tests nécessaires pour détecter des métastases qui n'ont pas encore montré de symptômes cliniques sont prohibitifs en termes de coût et elles peuvent ne pas encore être détectables à ce stade en utilisant des tests conventionnels.
LPSTim
11 upvotes | Posted on 2016-12-14 16:10:06
Essentiellement, la tumeur primaire propage des "grains" à travers le corps où ils s'implantent dans des tissus sains. Vous pouvez effectuer des tests diagnostiques comme des scanners CT ; cependant, ces "grains" sont souvent beaucoup trop petits pour être détectés dans les résultats du scan. Par conséquent, vous supposez qu'ils sont exempts de cancer. Cependant, avec le temps, ces "grains" vont croître jusqu'à atteindre des tailles où ils peuvent enfin être détectés lors des examens d'imagerie.
SirT6
48 upvotes | Posted on 2016-12-14 14:41:12
Bonjour Katherine et Marni, et merci de faire ce AMA. L'observation de métastases qui semblent dériver de graines multiclonales composées de plusieurs cellules me semble très intéressante. Quelques questions liées à cette observation : - Il semble que vous pensiez que cela se produit parce que vous observez les mêmes mutations, supposément clonales (basées sur la profondeur de séquençage), dans la tumeur métastatique que dans la tumeur parentale. Pouvez-vous me corriger si j'ai manqué une partie de votre argumentation ? Quelle couverture avez-vous obtenue dans votre séquençage, et comment avez-vous essayé de surmonter les problèmes d'erreur d'échantillonnage (en raison de l'hétérogénéité dans la tumeur et du fait de ne séquencer qu'une petite biopsie) dans la tumeur primaire ? - Comment envisagez-vous les cellules métastaser ? Comme un amas (j'imagine qu'il y a des contraintes physiologiques sur la taille d'un amas) ou comme des cellules individuelles qui se réunissent sur le site métastatique ? - Pensez-vous que l'observation de la tumeur métastatique multiclonale suggère une sorte d'interdépendance entre les sous-clones ? Si tel est le cas, comprendre la nature de cette interdépendance pourrait-il aider à générer des hypothèses pour des thérapies ciblées ? - Qu'en est-il de vos données d'ARN-seq ? Malgré relativement peu de mutations privées, les tumeurs métastatiques présentent-elles un phénotype d'expression remarquablement différent ? Dans quelle mesure le microenvironnement influence-t-il les profils d'expression de ces cellules, et pensez-vous que cela ait des implications thérapeutiques ?
PLOSScienceWednesday
13 upvotes | Posted on 2016-12-14 19:04:56
Merci pour vos questions. Nous avons trouvé des ensembles de mutations, ou clones, au sein de différents pourcentages de cellules dans les tumeurs primaires (mesurées par la fréquence des allèles variants) qui ont également été observés dans les tumeurs métastatiques. Beaucoup de ces clones étaient partagés avec certaines métastases, mais pas avec toutes, indiquant des populations distinctes de cellules. Toutes les tumeurs, y compris les primaires et les métastases, présentaient des preuves de plusieurs clones, avec de nombreux clones métastatiques dérivant de plusieurs clones au sein de la tumeur primaire qui avaient ensuite migré/métastasé vers d'autres sites du corps. La couverture du génome variait entre 29X et 72X pour les échantillons séquencés. Le séquençage d'ADN/ARN de tumeurs en vrac est toujours limité par l'erreur d'échantillonnage (c'est-à-dire séquencer seulement une petite biopsie ou seulement une section de la tumeur). Des travaux antérieurs réalisés par d'autres ont comparé le séquençage multirégional dans le cancer du sein primaire, démontrant la vaste hétérogénéité au sein de chaque tumeur primaire. Malgré cette limitation, notre analyse montre toujours plusieurs clones (hétérogénéité génétique) dans la tumeur primaire, reflétée dans les métastases. Notre groupe n'a pas étudié le mécanisme par lequel plusieurs cellules pourraient se métastaser, mais nous vous renvoyons à deux excellentes publications récentes dans PNAS où les auteurs Au et al. (doi: 10.1073/pnas.1524448113) et Cheung et al. (10.1073/pnas.1508541113) évaluent expérimentalement les mécanismes de la dissémination polyclonale. Votre troisième point soulève une question très intéressante que nous avons également discutée ; cependant, cela est en dehors du cadre de notre étude actuelle. Nous vous renvoyons à l'étude de Cheung et al. (10.1073/pnas.1508541113) qui a enquêté plus avant sur cette interdépendance. Lorsque nous avons examiné les profils d'expression d'ARN de nos tumeurs par rapport à plus de 1000 cancers du sein de TCGA, nous avons constaté que les métastases ressemblaient davantage à leur tumeur primaire qu'elles ne ressemblaient à d'autres cancers du sein - primaires ou métastatiques. Lorsque nous avons prélevé les métastases, nous avons également prélevé du tissu normal quand nous le pouvions et avons effectué un séquençage RNA sur ceux-ci également. Nous avons découvert que les métastases ressemblaient beaucoup plus au cancer du sein primaire qu'au tissu normal du site où la métastase s'était produite. Les profils d'expression dominants étaient similaires. Cependant, cela ne suggère pas que le microenvironnement ne joue pas un rôle, et nous convenons définitivement que le stroma et la composante immunitaire sont très importants. Nous n'avons pas encore étudié spécifiquement le rôle du microenvironnement dans ces échantillons.
KriosDaNarwal
14 upvotes | Posted on 2016-12-14 14:56:00
Salut Katherine et Marni. Merci d'avoir organisé ce AMA. J'ai juste une question simple pour vous deux. Qu'est-ce qui vous a attirées dans ce domaine de la biologie et de la recherche sur le cancer ? Quels conseils avez-vous pour les jeunes femmes qui envisagent de se lancer dans les domaines STEM ?
PLOSScienceWednesday
6 upvotes | Posted on 2016-12-14 19:06:49
Marni : En tant que petite fille, je savais que je voulais devenir médecin - utiliser mes connaissances scientifiques pour aider les gens. Comme beaucoup d'entre nous, j'ai été personnellement touchée par un proche atteint de cancer et je voulais comprendre pourquoi - pourquoi certaines cellules déraillaient chez mon proche ? Pourquoi était-elle si malade ? Et si nous connaissions la cause sous-jacente, pourquoi ne pouvions-nous pas le guérir comme une simple angine streptococcique ? Cela a conduit à ma passion pour les soins médicaux et la recherche. Grâce à la recherche, nous pouvons directement découvrir quelque chose qui pourrait aider à faire avancer un peu les choses vers la « guérison ». J'encourage toutes les femmes ayant une passion pour la science et la curiosité et la motivation de poursuivre une carrière dans les domaines STEM. Mon conseil pour les femmes (et les hommes aussi !) serait de vous impliquer dans des opportunités qui vous enthousiasment. Identifier un mentor dans votre domaine qui s'investit réellement dans votre succès vous permettra d'avoir des conseils de carrière à des étapes critiques : postuler pour des études supérieures, identifier le bon projet et réussir à obtenir des financements. Katherine : Je suis née alors que mon père poursuivait ses études de doctorat et j'étais souvent dans le laboratoire. La science a toujours été un sujet qui m'intéressait et j'aimais travailler avec mon père sur des projets de foire scientifique quand j'étais enfant. Lorsque j'étais au lycée, j'ai trouvé un emploi dans un centre de recherche près de chez moi pour acquérir une expérience pratique en recherche - tant en laboratoire qu'en extérieur. J'ai trouvé autant de moyens que possible de m'impliquer dans des activités scientifiques, à l'école ou en dehors. J'avais un fort intérêt pour la génétique et c'était mon intérêt motivant pour postuler à des études supérieures. Mon expérience était principalement en recherche sur les plantes, mais une fois à l'école doctorale, j'ai trouvé un directeur de thèse et un laboratoire que j'aimais beaucoup qui étudiait le cancer du sein et cela m'a marqué. Mon conseil est de rechercher des opportunités et de vous impliquer. Tout comme Marni l'a dit, trouver un mentor pour vous aider et vous soutenir est également important et peut vous aider à identifier des opportunités.
Crankt_
3 upvotes | Posted on 2016-12-14 15:46:45
Salut, super article ! C'est très intéressant de voir comment vous avez pu reconstruire les différents clones en fonction du VAF des variants communs. Comment avez-vous différencié entre les vrais et les faux négatifs lors de vos comparaisons par paires ? J'ai envisagé de restreindre de telles comparaisons aux régions qui sont suffisamment couvertes dans les deux échantillons, ou de "sauver" des variants avec des preuves limitées dans un échantillon lorsqu'il y a un bon appel dans un autre échantillon, et j'ai hâte d'entendre d'autres avis sur le sujet !
pinkexperiencepoints
5 upvotes | Posted on 2016-12-14 16:03:14
J'ai été diagnostiqué à un stade 3 à 21 ans. Er + pr + her 2 -. J'ai reçu du cytoxan, de l'adrymycine et du taxol. Je suis tombée enceinte juste après et j'ai eu un bébé, donc pas de radiothérapie. J'ai subi une hystérectomie. Le médecin a dit que c'était agressif. Je suis en rémission depuis 4 ans. Le tamoxifène et ses effets secondaires me laissent alitée avec des douleurs et personne ne semble comprendre. 1. Les médecins minimisent-ils ma douleur ? 2. Pourquoi ne me réfère-t-il pas à un spécialiste de la douleur ? Je ne l'ai pas pris, je ne peux pas vivre ma vie avec ça. Je devrais vivre au lit. 3. Quelle est la probabilité de récurrence ?
FUCKYOUINYOURFACE
4 upvotes | Posted on 2016-12-14 16:07:10
Pourriez-vous mettre en évidence certains des outils et technologies que vous utilisez pour faire ce genre de recherche ? Y a-t-il vraiment beaucoup de séquençage génétique ? séquençage de l'exome ? cytométrie en flux ? Curieux.
3-2-1_liftoff
4 upvotes | Posted on 2016-12-14 17:04:55
Bonjour Katherine et Marni, et un grand merci d'avoir organisé cet AMA. Y a-t-il des indices dans vos données concernant le ciblage des tissus ? Par exemple, existe-t-il des similitudes dans la population multiclonale qui peut traverser la barrière hémato-encéphalique ? Qui va jusqu'à l'os ? Etc.
MarsNirgal
4 upvotes | Posted on 2016-12-14 17:29:58
Quel était l'accord/consensus précédent sur la métastase ?
Diltron24
3 upvotes | Posted on 2016-12-14 17:39:03
Merci d'avoir organisé ce AMA, j'ai apprécié lire les résultats de votre étude et cela semble très bien fait. Ma question concerne davantage la tumeur primaire que les métastases. À quel point le génome de la tumeur primaire est-il uniforme, étant donné que le cancer est considéré comme un ensemble de mutations, et comment procéderiez-vous pour évaluer le génome d'une tumeur ?
bansheeink
8 upvotes | Posted on 2016-12-14 17:52:30
Merci pour votre travail sur les tumeurs triple négatif. Je suis une survivante du cancer du sein TN depuis 4 ans, très heureuse d'être en vie. J'ai trouvé la connexion avec TP53 intéressante. > TP53 était le seul gène muté somatique partagé entre les deux patients et était présent dans chaque spécimen tumoral séquencé. TP53 pourrait-il être utilisé pour cibler des traitements ? Travaillez-vous sur d'autres études avec TN ? Ou êtes-vous au courant d'autres études en cours ? Pensez-vous qu'il serait utile de conserver des tissus provenant de tumeurs pour des tests supplémentaires, car des tests et traitements plus ciblés pourraient être effectués au fur et à mesure que la recherche se développe ? Ces petits clones sournois qui voyagent et se dirigent vers des sites distants pour croître doivent être éradiqués. Y a-t-il quelque chose de disponible pour cela pour les personnes qui sont des survivants ? Pensez-vous qu'il y en aura ? N'est-ce pas l'espoir de l'avenir ? À quel point sommes-nous proches ? En attendant, j'utilise mon esprit pour imaginer l'éradication et la prévention de toutes les cellules malformées.

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